星际文明II的战斗模式是战棋式回合制。

当战斗开始时（通常是进攻方的舰队到达防御方的星球那一刻起）进入第一回合，然后进攻方的舰队会出现在相应的星门位置（出现的位置与双方的坐标有关系），系统判定每个舰队的出手顺序，当最后一个舰队行动完毕，会进入下一回合，系统从新对战场内所有单位进行判定，在整个战斗过程中，该星内的所有单位都不可操作，

战斗过程全部由系统计算，玩家只能点看战斗画面或者通过派遣援军来改变战局。

整个战斗过程是进攻方和防御方的PK

玩家支援自己的军团的团员只能选择防守，支援其他军团的或者无军团的玩家可以分别选择进攻和防守。

标注：选择攻击和选择防守要慎重，如果选错，你就会战场中看到自己的舰队攻击自己或者攻击自己朋友的舰队。

战斗行动流程

进入战斗后，所有舰队的战斗流程都为锁定目标→移动→攻击→结束。

当轮到一个舰队出手行动时，根据玩家设置的攻击目标选项，来选择战场中的攻击目标。

标注1：注意一个舰队中武器的射程，比如导弹的射程是5-8，如果该舰队移动完成后5-8的距离中没有敌方舰队就不会攻击

标注2：锁定防御建筑会优先攻击防御建筑，但是舰队移动完成后射程内没有建筑则会攻击舰队

非锁定防御建筑的话都是优先攻击舰队，但是舰队移动完成后射程内没有舰队则会攻击建筑。

【编辑：官方】